Skip to content

Criteria for detection of transiently evoked otoacoustic emissions in schoolchildren
Bartosz Trzaskowski, Edyta Pilka, W. Wiktor Jedrzejczak, Henryk Skarzynski
International Journal of Pediatric Otorhinolaryngology 79 (2015), pp. 1455-1461
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0165587615003043

Objectives
The aim was to compare, on the same dataset, existing detection criteria for transiently evoked otoacoustic emissions (TEOAEs) and to select those most suitable for use with school-aged children.

Methods
TEOAEs were recorded from the ears of 187 schoolchildren (age 8–10 years) using the Otodynamics ILO 292 system with a standard click stimulus of 80 dB peSPL. Pure tone audiometry and tympanometry were also conducted. Global and half-octave-band (at 1, 1.4, 2, 2.8, 4 kHz) values of OAE signal-to-noise ratio (SNR), reproducibility, and response level were determined. These parameters were used as criteria for detection of TEOAEs. In total, 21 criteria based on the literature and 3 new ones suggested by the authors were investigated.

Results
Pure tone audiometry and tympanometry screening generated an ear-based failure rate of 7.49%. For TEOAEs, there was a huge variability in failure rate depending on the criteria used. However, three criteria sets produced simultaneous values of sensitivity and specificity above 75%. The first of these criteria was based only on a global reproducibility threshold value above 50%; the second on certain global reproducibility and global response values; and the third involved exceeding a threshold of 50% band reproducibility. The two criteria sets with the best sensitivity were based on global reproducibility, response level, and signal-to-noise ratio (with different thresholds across frequency bands).

Conclusions
TEAOEs can be efficiently used to test the hearing of schoolchildren provided appropriate protocols and criteria sets are used. They are quick, repeatable, and simple to perform, even for nonaudiologically trained personnel. Criteria with high sensitivity (89%) were identified, but they had relatively high referral rates. This is not so much a problem in schoolchildren as it is in newborns because with schoolchildren pure tone audiometry and tympanometry can be performed immediately or at a follow-up session. Nevertheless, high referral rates lead to increased screening cost; for that reason, three less rigorous criteria with high values of both sensitivity and specificity (75% and above) are recommended.

Porównanie algorytmów detekcji fali V w badaniu słuchowych potencjałów wywołanych pnia mózgu Bartosz Trzaskowski
Nowa Audiofonologia 2015; 4(2):43-52

W pracy przedstawione i porównane zostały wybrane systemy automatycznej detekcji słuchowych potencjałów wywołanych pnia mózgu, opisane w czasopismach naukowych przez różne zespoły badawcze.

Otoacoustic Emissions before and after Listening to Music on a Personal Player
Bartosz Trzaskowski, W. Wiktor Jędrzejczak, Edyta Piłka, Magdalena Cieślicka, Henryk Skarżyński
Med Sci Monit 2014; 20:1426-1431
http://www.medscimonit.com/abstract/index/idArt/890747

The main aim of this study was to investigate whether listening to music on a CD player affects parameters of otoacoustic emissions. A group of 20 adults with normal hearing were tested. No statistically significant changes in either OAE parameters or PTA thresholds were found.

W czasopiśmie Otorynolaryngologia ukazała się praca przedstawiająca wyniki oceny jakości działania systemu automatycznej detekcji słuchowych potencjałów wywołanych pnia mózgu.

System automatycznej detekcji słuchowych potencjałów wywołanych pnia mózgu.II. Ocena działania systemu dla danych klinicznych.
Bartosz Trzaskowski, Krzysztof Kochanek, W. Wiktor Jędrzejczak, Adam Piłka, Henryk Skarżyński
Otorynolaryngologia, 2013; 12(4): 183-189
http://www.mediton.pl/PL/czasopisma/otorynolaryngologia/archiwum_12.4.0.html

W czasopiśmie Otorynolaryngologia opublikowana została praca:

System automatycznej detekcji słuchowych potencjałów wywołanych pnia mózgu. I. Opis i testowanie systemu
Bartosz Trzaskowski, W. Wiktor Jędrzejczak, Edyta Piłka, Krzysztof Kochanek, Henryk Skarżyński
Otorynolaryngologia, 2013; 12(3): 137-147
http://www.mediton.pl/PL/czasopisma/otorynolaryngologia/archiwum_12.3.0.html

W poprzednim wpisie przedstawiłem funkcję odpowiedzi aparatu Nikon D70 przy zapisie zdjęć w formacie JPG Fine. Tutaj chciałbym pokazać jak wygląda funkcja odpowiedzi w przypadku zapisu obrazu w formacie NEF, będącym natywnym formatem Nikona do zapisu danych surowych (RAW). Dane w tym formacie są zasadniczo nieprzetworzonym zapisem tego co zarejestrowała matryca aparatu. Pisząc nieprzetworzonym mam na myśli w tym przypadku brak przetworzenia w postaci konwersji gamma, czy balansu bieli. Jednak przetworzenie obrazu rejestrowanego na matrycy musi mieć miejsce już na etapie jego digitalizacji czyli przekształcenia informacji analogowej z matrycy (w postaci ładunku) na informację w postaci cyfrowej. Taka kwantyzacja ciągłej wartości wiąże się ze zmianą informacji. Ale jak donoszą niektórzy dociekliwi użytkownicy, Nikon miesza już nawet na tym etapie przetwarzając i zmieniając informację o obrazie.

W szczególności udowodniono, że zapis zdjęć w formacie NEF z bezstratną kompresją stosowany w aparacie Nikon D70, jest wbrew podawanym przez producenta informacjom stratny. W głównej mierze, strata informacji związana jest z obniżeniem rozdzielczości w jasnej części zakresu. Nikon D70 jest wyposażony w matrycę Sony ICX413AQ i 12-bitowy przetwornik analogowo-cyfrowy. Rozdzielczość 12-bitowa pozwala na zapis 2^12=4096 poziomów jasności, ale podczas konwersji do formatu RAW liczba poziomów jest limitowana do 683 i dopiero potem poddawana bezstratnej kompresji słownikowej podobnej do stosowanej w plikach ZIP. O ile kompresja rzeczywiście jest bezstratna to jednak informacja tracona jest na etapie kwantyzacji do 683 dyskretnych wartości jasności. Krzywa kwantyzacji jest zapisywana w plikach NEF. Kodowanie to zachowuje pełen zakres jasności, jednak zapis 12-bitowej informacji (4096 poziomów) w 683 dyskretnych wartościach powoduje zmniejszenie rozdzielczości w jasności. Kształt krzywej kwantyzacji, na początku liniowy, a następnie wzrastający z kwadratem, powoduje że rozdzielczość maleje wraz ze wzrostem jasności. Zastosowanie tego rodzaju konwersji miało prawdopodobnie na celu znaczne przyspieszenie (prawie o rząd wielkości) zapisu plików NEF przez aparat. Starsze modele (jak np D1H czy D100) potrafiły przetwarzać obraz przez 20-30 sekund wykonując kompresję przed zapisem. Obecne część nowych modeli aparatów posiada możliwość wyboru trybu zapisu plików NEF pomiędzy 12- i 14-bitowymi, oraz skompresowanymi i nieskompresowanymi.

Dodatkowo pewna utrata informacji w D70 związana jest z zastosowaniem optycznego filtra dolnoprzepustowego, mającego na celu usunięcie z obrazu składowych wysokoczęstotliwościowych. Matryca aparatu podczas zapisu obrazu niejako próbkuje scenę z pewną określoną częstotliwością zwaną częstotliwością próbkowania. Jeżeli w fotografowanej scenie występują jednak częstotliwości większe od połowy częstotliwości próbkowania to w rejestrowanym obrazie wystąpi zjawisko aliasingu, fotografom bądź grafikom znane pod nazwą efektu mory. Żeby przeciwdziałać temu zjawisku, producenci przez wiele lat umieszczali przed matrycą filtr rozmywający (usuwający wysokie częstotliwości) dostosowany do danej matrycy. To rozwiązanie gwarantowało, że częstotliwości wyższe niż dopuszczalne dla danej matrycy będą odfiltrowywane, a matryca zarejestruje tylko dozwolone częstotliwości. Łatwo też jest się domyślić jaka jest zależność częstotliwości próbkowania od rozmiaru matrycy (w megapikselach). Im większy rozmiar w MPx, tym większa jest częstotliwość próbkowania, czyli tym wyższe częstotliwości mogą być przez daną matrycę zarejestrowane bez ryzyka wystąpienia efektu aliasingu. Ostatnio, w związku postępem technologicznym i ciągłym wzrostem rozmiarów rejestrowanych obrazów, daje się zauważyć tendencję do usuwania tego filtru co bardzo pozytywnie wpływa na poprawę ostrości i zwiększenie szczegółowości zdjęć. Również Nikon w swoim najnowszym modelu D5300 zrezygnował z optycznego filtru dolnoprzepustowego uznając, że problem efektu mory nie jest przy rozmiarze zdjęcia 24 MPx już tak bardzo istotny.

Niemniej jednak, pomimo wspomnianych wyżej przekształceń, można by się spodziewać, że ponieważ w aparacie nie została wykonana kompresja gamma (jak w przypadku plików JPG), a matryca w Nikonie D70 to matryca CCD (dla której ładunek jest proporcjonalny do ekspozycji) to zależność odpowiedzi może być tutaj zbliżona do liniowej. I to przede wszystkim chciałem sprawdzić wykonując przedstawione poniżej obliczenia.

Przeanalizowałem dwie serie zdjęć wykonanych z różnymi ustawieniami ekspozycji. Zdjęcia były wykonane dokładnie tak samo jak opisałem w poprzednim artykule, z tą różnicą, że tym razem zapisane zostały w formacie NEF. Są to dokładnie te same sceny, sfotografowane w tych samych warunkach, ponieważ serie zdjęć NEF były wykonywane bezpośrednio przed seriami JPG.

Tak wyglądają serie zdjęć w formacie NEF:

Barckets. Series 1. NEF.

Barckets. Series 1. NEF.

Barckets. Series 2. NEF.

Barckets. Series 2. NEF.

Łatwo zauważyć, że w przypadku obydwu serii, zdjęcia w formacie NEF wyglądają na dużo ciemniejsze i o większym kontraście niż zdjęcia w formacie JPG z poprzedniego artykułu. Dzieje się tak dlatego, że zdjęcia w formacie NEF są w liniowej przestrzeni kolorów, a zdjęcia w formacie JPG w logarytmicznej. Nasz narząd wzroku podobnie jak inne nasze zmysły działa w sposób naturalny logarytmicznie. Zdjęcia w logarytmicznej przestrzeni kolorów (np wykonane przy pomocy tradycyjnej fotografii wykorzystującej kliszę fotograficzną) wyglądają dla nas naturalnie i fotorealistycznie. Dlatego aparat przed zapisem zdjęć w docelowym formacie JPG skompresował je do logarytmicznej przestrzeni kolorów wykonując przekształcenie potęgowania – tzw konwersję gamma. To spowodowało bardziej naturalnie dla nas wyglądający rozkład jasności pikseli w zdjęciach.

Faktyczna rozdzielczość bitowa w plikach NEF zapisywanych w aparacie Nikon D70 wynosi: log2(683)=9.42 bity. Żeby wykonać obliczenia przekształciłem pliki NEF w 8-bitowe pliki TIFF. W tym celu wykorzystałem napisany przez Dave Coffina program dcraw. Konwersja nie mogła wykonywać żadnych automatycznych zmian jasności (domyślnie dcraw rozciąga histogram w ten sposób, żeby 1% pikseli był wyświetlany jako biały), wykonywać konwersji gamma, repróbkować pikseli, ani ingerować w przestrzeń kolorów. Polecenie którego użyłem to: „dcraw -T -W -g 1 1 -v -j -o 0”. Zdjęcia z Nikona D70 w formacie NEF mają rozmiar 3039×2014 pikseli. Maska pikseli wybranych do obliczeń była utworzona identycznie jak w przypadku obrazów JPG, czyli tablica 30×20 pikseli równomiernie rozmieszczonych w obrazie z zachowaniem 5% marginesu od krawędzi obrazu.

Żeby poprawnie oszacować przy pomocy tej metody krzywą odpowiedzi dla np 14-bitowych plików NEF, dla serii 11 ekspozycji, zgodnie z zależnością: N*(P-1)>(Zmax-Zmin), trzeba by było wykorzystać w obliczeniach: N>(2^14-1)/(11-1) czyli przynajmniej 1639 pikseli. Tablica układu równań liniowych zajmowałaby wówczas w pamięci: (1639*11+2^14+1)*(2^14+1639)*16/1000/1000/1000 = 9.9 GB RAM. Oczywiście funkcja zaproponowana przez Debeveca i Malika musiałaby zostać zmodyfikowana w celu uwzględnienia 14-bitowej rozdzielczości: Zmax=2^14-1 i przesunięcia środka rozkładu do jasności Z=(2^14)/2-1.

Krzywe odpowiedzi dla plików NEF z aparatu Nikon D70:

Nikon D70 response curve. NEF

Nikon D70 response curve. NEF

Nikon D70 response curve. NEF

Nikon D70 response curve. NEF

Widać, że otrzymana krzywa odpowiedzi dla zapisu NEF ma bardziej stromy przebieg niż krzywa dla kodowania JPG z poprzedniego artykułu. Jednak trudno jest coś więcej powiedzieć, ponieważ na tych ilustracjach wynik jest przedstawiony na płaszczyźnie pół-logarytmicznej. Żeby dokładniej porównać obie funkcje mamy dwie możliwości: pokazać je na wykresie logarytmiczno-logarytmicznym lub na wykresie liniowo-liniowym.

Wykres o obu osiach liniowych dla serii 1:

Nikon D70 response curve. NEF. lin-lin

Nikon D70 response curve. NEF. lin-lin

Wykres dla obu osi logarytmicznych dla serii 1:

Nikon D70 response curve. NEF. log-log

Nikon D70 response curve. NEF. log-log

Na obu tych wykresach widać, że w przypadku zapisu w formacie NEF zależność aż do momentu wysycenia jest rzeczywiście liniowa.

Na wykresie log-log wątpliwości co do jakości wyniku oszacowania krzywej odpowiedzi, mogą budzić punkty zlokalizowane w lewej dolnej części wykresu. Duży rozrzut punktów wzdłuż osi X (logarytmiczna wartość ekspozycji) oraz duże odstępy pomiędzy kolejnymi wartościami na osi Y (logarytmiczna wartość jasności pikseli). Kwestia dużych odstępów wzdłuż osi Y stanie się jasna gdy tylko zdamy sobie sprawę co dokładnie powoduje transformacja skali liniowej do logarytmicznej. Skala logarytmiczna sprawia, że niskie wartości są na osi rozciągane, a wyższe coraz bardziej kompresowane. Czyli duże duże odstępy w tym rejonie to naturalna cecha przekształcenia wartości w skali liniowej do logarytmicznej. Możemy policzyć, że do połowy tego wykresu czyli do wartości 3 na osi Y, znajduje się exp(3)=20 pikseli spośród wszystkich 256. Czyli w tej skali, połowę wykresu zajmuje niecałe 8% wszystkich możliwych wartości pikseli. W skali liniowej te wartości zajmowałyby znikomą powierzchnię w lewym dolnym rogu płaszczyzny wykresu. A kwestię rozrzutu wzdłuż osi X można wyjaśnić uwzględniając fakt, że matryce CCD posiadają naturalną tendencję do rejestrowania szumu przy małych wartości ekspozycji, a połowę wykresu zajmują właśnie piksele dla najniższych 20 wartości ekspozycji. Dlatego też w procesie estymacji krzywej odpowiedzi stosowana był funkcja zmniejszająca wagę tych wartości.

Ale jak wygląda na tych wykresach zależność krzywej odpowiedzi dla zapisów JPG?
Wykres lin-lin:

Nikon D70 response curve. JPG. lin-lin

Nikon D70 response curve. JPG. lin-lin

Wykres log-log:

Nikon D70 response curve. JPG. log-log

Nikon D70 response curve. JPG. log-log

Na obu wykresach dla formatu JPEG widać dla krzywych każdego koloru charakterystyczną nieliniową zależność przypominającą transformację gamma.

Z powyższych dwóch artykułów i przedstawionych wyników można wyciągnąć wnioski dotyczące aparatu Nikon D70:

  • zapis obrazów w formacie JPEG, wiąże się z zastosowaniem nieliniowego przekształcenia o profilu pokazanym na powyższych ilustracjach
  • zapis w formacie NEF i wykonanie płaskiej konwersji do 8-bitowych obrazów TIFF w programie dcraw, daje obrazy z liniową (w pewnym zakresie) funkcją odpowiedzi.

W 1997 roku Debevec i Malik opublikowali interesującą pracę. Przedstawili w niej między innymi metodę pozwalającą na oszacowanie funkcji odpowiedzi systemu powstawania obrazu w oparciu o serię zdjęć wykonanych przy różnych wartościach ekspozycji. Metoda ta polega na znalezieniu funkcji minimalizującej w sensie metody najmniejszych kwadratów błąd rozwiązania układu równań liniowych wiążących wartość jasności pikseli obrazu z ekspozycją.

W celu określenia funkcji odpowiedzi cyfrowej lustrzanki Nikon D70 dla zdjęć zapisywanych przez aparat w formacie JPG wykonałem trzy serie ujęć. Każda seria składała się z jedenastu zdjęć wykonywanych dla kolejnych ustawień ekspozycji z krokiem 1EV w przedziale [-5EV, 5EV] względem właściwej wartości nastawu.

Do zdjęć zostały wybrane sceny nie zawierające elementów ruchomych i neutralne kolorystycznie. Cały kadr zawierał obiekty o szarych kolorach bez elementów o dużej saturacji. Fotografowane sceny zawierały rejony kontrastujące w jasności aby zapewnić szeroki rozkład punktów w przestrzeni [ekspozycja, jasność piksela] dla pojedynczych wartości ekspozycji. Miało to na celu poprawę jakości dopasowywania do siebie krzywych dla pojedynczych pikseli w trakcie obliczeń metodą najmniejszych kwadratów.

Przykładowe dwie serie zdjęć użyte do obliczeń przedstawione są na rysunkach poniżej.

Seria 1:

Brackets. Series 1. JPG

Brackets. Series 1. JPG

Seria 2:

Brackets. Series 2. JPG

Brackets. Series 2. JPG

Zdjęcia były wykonywane przy użyciu statywu, kolejno jedno po drugim, w odstępach czasu najkrótszych na jakie pozwalał aparat kontrolowany za pomocą kabla USB OTG przez program zdalnie wyzwalający migawkę zainstalowany na smartfonie. Wykonanie zdjęć w możliwie najkrótszym czasie było ważne żeby zapobiec zmianie warunków oświetleniowych podczas fotografowania. Wszystkie serie zdjęć zostały zrobione w pochmurny dzień przy słońcu całkowicie zasłoniętym chmurami. Zdjęcia wykonywano zachowując stałą liczbę przesłony, uzyskując zmienną wartość ekspozycji operując czasem otwarcia migawki. Pozwoliło to uniknąć problemów związanych ze zmianą głębi ostrości i winietowania. W celu zmniejszenia wkładu szumu z matrycy w rejonach o niskiej jasności, zdjęcia wykonywano przy najniższej możliwej wartości czułości 200 ISO. Wielkość zdjęć ustawiono na maksymalną.

Jako czasy otwarcia migawki uwzględnione w obliczeniach użyte zostały wartości wyświetlane przez aparat czyli np 1/500, 1/250 czy 1/125 s, pomimo tego, że Debevec i Malik sugerowali, że czasy będące wynikiem potęgowania liczby 2 (odpowiednio: 1/512, 1/256 czy 1/128 s) są bardziej zgodne z rzeczywistym czasem ekspozycji.

Z punktu widzenia stosunku jakości do wydajności obliczeń istotny jest wybór liczby pikseli obrazu dla których obliczenia będą wykonywane. Nikon D70 posiada 6 MPx matrycą, a największe zdjęcia zapisywane przez aparat w jakości JPG Fine są w rozmiarze 3008×2000 px. Ponieważ układ równań liniowych minimalizujących błąd znalezienia funkcji odpowiedzi jest rzędu N*P + Zmax-Zmin to wykorzystanie wszystkich 6.016.000 pikseli, przy serii 11 ekspozycji, dla obrazów 8-bit, wymagałoby utworzenia w pamięci tablicy o rozmiarze ok (3008*2000*11+2^8+1)*(2^8+3008*2000)*8/1000/1000/1000=3,185,066 GB pamięci RAM. Być może w przyszłości będzie można wykonywać takie obliczenia na telefonie komórkowym jednak obecnie nie są one (wg wiedzy autora) możliwe do przeprowadzenia. W rzeczywistości, żeby określić ten układ równań wystarczy uwzględnić N pikseli spełniających nierówność: N*(P-1)>(Zmax-Zmin); gdzie N – oznacza liczbę pikseli; P – liczbę ekspozycji; Zmax-Zmin to maksymalna różnica w jasności pikseli. Przy 11 ekspozycjach dla obrazu 8-bitowego, wystarczającą liczbą pikseli do obliczeń będzie: N>(2^8-1)/(11-1) czyli N>=26.

Znając wymaganą minimalna liczbę pikseli do obliczenia krzywej odpowiedzi, pozostaje jeszcze określenie sposobu próbkowania obrazu. W pracy z 1997 roku Debevec i Malik ręcznie określali które piksele miały być uwzględnione w obliczeniach. Ja zdecydowałem się na wybranie do obliczeń tablicy 600 pikseli (30×20) rozmieszczonych w jednorodnych odstępach od siebie z zachowaniem 5% marginesu od krawędzi obrazu. Ze względu na to że liczba pikseli była o rząd wielkości większa niż wymagana, układ charakteryzował się dużą redundancją, a w pamięci zajmował:
(30*20*11+2^8+1)*(2^8+30*20)*8/1000/1000=46.96MB RAM. Obliczenia na typowych komputerach były kwestią sekund.

Poniżej pokazane są wykresy otrzymanych funkcji odpowiedzi Nikona D70 dla zapisu JPG Fine dla trzech kolorów. W celu zmniejszenia wpływu skrajnych wartości jasności na oszacowanie funkcji, zastosowane zostało okno trójkątne jako funkcja określająca wagę jasności pikseli. Na ilustracjach przedstawione są także punkty w przestrzeni [ekspozycja, wartość piksela] które posłużyły do estymacji funkcji odpowiedzi.

Krzywa odpowiedzi aparatu Nikon D70 przy zapisie w formacie JPEG dla serii 1:

Nikon D70 response curve. JPG

Nikon D70 response curve. JPG

Krzywa odpowiedzi aparatu Nikon D70 przy zapisie w formacie JPEG dla serii 2:

Nikon D70 response curve. JPG

Nikon D70 response curve. JPG

Otrzymane krzywe są praktycznie identyczne. Przedstawiają poszukiwaną funkcję odpowiedzi aparatu.

Strona została przeniesiona na nowy serwer. Wszystkie błędy proszę zgłaszać tutaj.

Na nowej stronie Tekstury dostępne są do pobrania darmowe tekstury. Tekstury wysokiej jakości dostępne są odpłatnie.

W czasopiśmie Computers in Biology and Medicine ukazał się artykuł opisujący system automatycznej detekcji i usuwania fali sonomotorycznej z zapisów słuchowych potencjałów wywołanych pnia mózgu (ABR): Automatic removal of sonomotor waves from auditory brainstem responses

In this paper, a computerized technique for automatic detection and removal of sonomotor waves (SMWs) from auditory brainstem responses (ABRs) was proposed. The method was based on adaptive decomposition using a redundant set of Gaussian and 1-cycle-limited Gabor functions. Its efficiency was tested by means of simulated and clinical data. Obtained results were good and confirmed by an expert.